Budowa ciała thumb|left|Samiec żaby jeziorkowej sfotografowany 15 maja 2007 w północno-wschodniej Dolnej Saksonii Budową ciała żaba jeziorkowa przypomina blisko ze sobą spokrewnione żaby śmieszkę i wodną. Tę ostatnią tak bardzo przypomina pod względem ubarwienia, że dla odróżnienia ich potrzebny jest klucz do oznaczania płazów. W badaniu przeprowadzonym w Wigierskim Parku Narodowym (gdzie żyją obok siebie P. lessonae i P. esculentus) nie potrafiono oznaczyć gatunku aż 71% napotkanych żab zielonych. Wobec takich trudności napotkane na wolności osobniki zalicza się do „typu żaby wodnej” czy też „typu żaby jeziorkowej”. Typy te są do siebie bardziej podobne niż żaba wodna i śmieszka, różnice pomiędzy którymi też zdają się płynne.
Płaz ten, najmniejszy z trzech żab zielonych, osiąga długość od 5 do 7 cm, wedle innych źródeł w Polsce osiąga 8 cm. Jeszcze inne podają, że zazwyczaj żaba jeziorkowa osiąga od 4 do 5 cm długości, jednakże spotyka się osobniki mierzące 9 cm, choć nie zdarza się to często Samice są większe od samców.