Kilka wieków później do prowincji polskiej włączono biskupstwo litewskie, inflanckie oraz prowincję halicko-lwowską, a także sufraganię w Kamieniu Podolskim i Kijowie. Kościół polski po zawarciu Unii z Litwą zwalczał pogaństwo oraz wyparł z Wilna i Litwy szerzący się od wieków ruski Kościół prawosławny.
W XVII wieku odłączyło się biskupstwo wrocławskie.
Początkowo głową kościoła krajowego był arcybiskup, który zwoływał synody raz na trzy lata, konsekrował nowych biskupów, wizytował ich diecezje i dozorował kapituły. Początkowo biskupów do nominacji papieżowi przedstawiał książę lub król, jednak od XIII wieku wybierały ich kapituły. Powszechne dla episkopatu polskiego w okresie dzielnicowym było pochodzenie biskupów ze stanu rycerskiego. Z rodzin tych wywodziło się ponad 90% przedstawicieli hierarchii kościelnejEpiskopat polski doby dzielnicowej, 1180-1320 s. 97.. W XV wieku powrócono do starej zasady, że to król przedstawiał biskupów, a papież potwierdzał nominacje. Od roku 1417 pierwsze miejsce w episkopacie Polski przypadało Prymasowi.