Po II wojnie światowej obiekt przeszedł na własność Skarbu Państwa. Początkowo użytkowany jako magazyn, a następnie całkowicie porzucony, z czasem uległ całkowitej dewastacji. W 2006 zrujnowaną cerkiew otrzymał na własność Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny. W latach 2008–2010 obiekt został poddany gruntownemu remontowi, w czasie którego odkryte i odsłonięte zostały siedemnastowieczne malowidła ścienne, a ikonostas, zniszczony w czasie I wojny światowej, odrestaurowany.
Świątynia jest najstarszym obiektem sakralnym będącym w posiadaniu PAKPM. Bołtryk, Cerkiew w Szczebrzeszynie wraca do Cerkwi, „Przegląd Prawosławny”, nr 3 (249), marzec 2006. Znajduje się w przy ulicy Sądowej 11. Została wpisana do rejestru zabytków 24 listopada 1956 i 24 marca 1970 pod nr A/474.