Historia Okres i okoliczności powstania Niektórzy autorzy piszący o cerkwi szczebrzeszyńskiej, m.in. prawosławny proboszcz miejscowej parafii Timofiej Tracz, zaangażowany w rusyfikację ziemi chełmskiej, świadomie powtarzają za autorem osiemnastowiecznej unickiej kroniki parafialnej, ks. Janem Karolem Lipowieckim, błędną informację o ufundowaniu cerkwi już w 1194. Ks. Lipowiecki, pragnąc podnieść prestiż swojej świątyni, świadomie sfałszował opis początków jej funkcjonowania, twierdząc, jakoby jej fundatorem był ruski i prawosławny książę Andrzej Górka. W rzeczywistości Andrzej Górka, kasztelan międzyrzecki, żył w XVI stuleciu. Cerkiew mogła powstać przed tym stuleciem (choć po 1194). Spotyka się również informację o wzniesieniu świątyni na miejscu XII-wiecznego kościoła łacińskiego.
Badania architektoniczne i archeologiczne dowodzą, że w okresie XV – I połowa XVI wieku świątynia składała się z absydy z kryptą i z prostokątnej nawy. Być może był to pierwszy kościół św. Mikołaja, ufundowany ok. 1394 przez Dymitra z Goraja, co miało związek z erekcją pierwszej na tym terenie parafii katolickiej przeprowadzonej przez arcybiskupa halickiego Jakub Strepa w końcu 1397 – początek 1398 r.