Dalsze informacje, dotyczące uposażenia cerkwi i przekazania jej półłanka w Rozłopach, przekazuje dokument wystawiony w 1593 przez Jana Czarnkowskiego.
Cerkiew unicka Świątynia w Szczebrzeszynie należała do eparchii chełmskiej i razem z nią przeszła w 1596, na mocy decyzji biskupa chełmskiego Dionizego, na unię. Nie zachowały się dokumenty, które pozwoliłyby ustalić, czy o cerkiew w Szczebrzeszynie toczony był gwałtowny spór między zwolennikami unii i prawosławia, tak, jak miało to miejsce w wielu innych parafiach eparchii chełmskiej. Już w lutym 1620 unicki biskup chełmski Atanazy Pakosta zwołał do Szczebrzeszyna soborczyk duchowieństwa z miejscowego okręgu cerkiewnego (dekanatu), co mogłoby świadczyć o faktycznym, a nie tylko formalnym, przyjęciu unii w miejscowej parafii. Mimo to jeszcze w 1670 Ulryk Werdum w swoim opisie Szczebrzeszyna wskazał, że tylko nieliczni wierni miejscowej cerkwi faktycznie uważali się za katolików, większość pozostawała przy prawosławiu. W 1751 do unickiej cerkwi w Szczebrzeszynie uczęszczało ok. 293 wiernych, z czego jedynie 47 pochodziło z samego miasta. Było to wynikiem sukcesywnej utraty wiernych na rzecz Kościoła rzymskokatolickiego, jaka dokonywała się od XV w. i nie ustała po przyjęciu unii.