Nieco słabsze wyniki w sezonie 1999/2000 dały mu siódme miejsce w klasyfikacji generalnej. Felix tylko raz stanął na podium - 16 stycznia 2000 roku w Breitenwang był trzeci w sprincie. Znacznie lepsze wyniki osiągnął już w lecie 2000 roku, podczas trzeciej edycji LGP w kombinacji. W czterech konkursach dwukrotnie zwyciężył, raz był trzeci i raz czwarty, co pozwoliło mu na triumf w klasyfikacji końcowej. Wysoką formę utrzymał także przez cały sezon 2000/2001. Z szesnastu startów Gottwald wygrał sześć, trzy razy był drugi i dwa razy trzeci. Pierwsze zwycięstwo w tym sezonie, a także w karierze, odniósł już 2 grudnia 2000 roku w Kuopio, gdzie był najlepszy w sprincie. Następnie zwyciężał 3 grudnia w Kuopio w starcie masowym, 19 stycznia w Park City w sprincie, 1 marca w Nayoro w starcie masowym oraz 9 i 10 marca 2001 roku w Oslo, odpowiednio w Gundersenie i sprincie. Dzięki tym wynikom zwyciężył zarówno w klasyfikacji generalnej jak i klasyfikacji sprintu. Na mistrzostwach świata w Lahti wspólnie z Christophem Eugenem, Mario Stecherem i Davidem Kreinerem zdobył srebrny medal w konkursie drużynowym. Indywidualnie był ósmy w sprincie, i trzeci w Gundersenie, gdzie wyprzedzili go tylko Bjarte Engen Vik i Fin Samppa Lajunen.