W 1953, już jako Kutrzeba-Pojnarowa, podjęła pracę w Katedrze Etnografii Uniwersytetu Warszawskiego. Tam uzyskała stopień docenta (1955) oraz tytuły profesora nadzwyczajnego (1969) i zwyczajnego (1976). Pełniła funkcję prodziekana ds. naukowych Wydziału Historycznego. Włączyła się w prace badawcze Zakładu Etnografii Polski w Instytucie Historii Kultury Materialnej PAN. W latach 1961–1971 była honorową kierowniczką tego zakładu. W 1968 przy Mazowieckim Towarzystwie Kultury powstał Mazowiecki Ośrodek Badań Naukowych z kilkoma komisjami tematycznymi. Komisją Etnograficzną kierowała Anna Kutrzeba-Pojnarowa, a jej zastępcą był dr hab. Marian Pokropek. W ramach pracy ośrodka kierowała kilkoma projektami badawczymi.
Pierwszym tematem badawczym, jaki podjęła po II wojnie światowej, były Ziemie Zachodnie, co zaowocowało kilkoma tekstami prasowymi i w pracach zbiorowych. Później zajmowała się szczególnie Małopolską oraz Mazowszem i Kurpiami. Brała udział w Międzyuczelnianych Obozach Etnograficznych organizowanych przez Witolda Dynowskiego na Kurpiach. Prowadziła nadzór merytoryczny nad badaniami etnograficznymi w kurpiowskiej Puszczy Zielonej (zaowocowały trzytomowym opracowaniem Kurpie – Puszcza Zielona pod jej redakcją wydanym w latach 1962–1965), nad przemianami kultury wsi w różnych regionach kraju, nad podlaską szlachtą zagrodową.