Potem trenował salwadorski klub Águila, następnie gwatemalski Deportivo Jalapa i kostarykański San Carlos (w 2007).
Reprezentacja Gwatemali (1987 i 2000-2003) W 1987 Cortés objął pieczę nad reprezentacją Gwatemali, biorącej w tym roku udział Igrzyskach Panamerykańskich. Drugi okres pracy z reprezentacją Gwatemali rozpoczął się w czerwcu 2000 roku i trwał on do 2003 roku. Był to jeden z najdłuższych okresów, w których ten sam trener nieprzerwanie prowadził gwatemalską drużynę narodową. W okresie tym Cortés przegrał eliminacje do finałów mistrzostw świata w 2002 roku, ale za to wygrał turniej UNCAF Cup 2001, zdobywając mistrzostwo Ameryki Środkowej. Dwa lata później zdobył wicemistrzostwo Ameryki Środkowej (drugie miejsce w turnieju UNCAF Cup 2003).
Po tym, jak w kwietniu 2003 został odwołany ze stanowiska trenera reprezentacji Gwatemali, Cortés oskarżył gwatemalską federację piłkarską (FEDEFUT) o złamanie umowy, żądając wypłaty przysługującej mu części gaży. Trener przedstawił swoje żądania FIFA, która nakazała, by FEDEFUT wypłaciła zaległe pobory. We wrześniu 2006 FEDEFUT oskarżyła Cortésa przed lokalnym sądem o defraudację pieniędzy.