Okres wojenny 1939 –1945 Maria Kujawska jako zagrożona niemieckimi represjami, w drugiej połowie września 1939 roku znalazła się na emigracji w Rumunii, gdzie połączyła się z córkami. Przyjęła propozycję kierowania domem dla polskich matek z dziećmi („Home Suisse pour les enfants polonais”) stworzonym i utrzymywanym przez szwajcarskie towarzystwo charytatywne „Pro Polonia”. Dom ten usytuowano w Crikvenicy na wybrzeżu dalmatyńskim w ówcześnie neutralnej JugosławiiZ życia uchodźców, Wieści Polskie, 1941  nr 1, s. 2.. Brała czynny udział w życiu zgromadzonej wokół domu kolonii uchodźców z PolskiCzernichowski Franciszek, ks. Alojzy Dydek, Zdenko Praisler, Emigracja polska w Jugosławii,   maszynopis sporządzony w Dachau 31.05.1945, obecnie w archiwum rodzinnym Piotra Grudzińskiego, kopia w Archiwum „Karty”.. Po zajęciu Dalmacji przez Wehrmacht, w styczniu 1944 roku wszyscy członkowie tej grupy zostali aresztowani, a zdolnych do pracy wywieziono następnie do obozów koncentracyjnychKujawska Tenner Janina, Poczta, Karta, 2012, nr 72, s. 146–148.. Wraz z dwiema córkami znalazła się w Ravensbrück (numer obozowy 26 504), gdzie pracowała okresowo w oddziałach szpitalnych i przy badaniu nowo przybyłych.