Struktura organizacyjna klasztoru była nieco podobna do wspólnoty pachomiańskiej. Podstawową jednostką był tzw. dom, grupujący ok. 20-40 mnichów. Cała wspólnota – zarówno męska, jak i żeńska podlegała opatowi określanemu jako apa. Ogólnie ujmując funkcja opata polegała na zabezpieczeniu bytu materialnego mnichów, a także dbałości o ich rozwój duchowy. W praktyce więc opat (Szenute) kontrolował wszystkie sprawy dotyczące wspólnoty. Przełożony generalny miał swojego zastępcę, tzw. drugiego, a także doradcę do spraw ekonomicznych. Kolejnym szczeblem w hierarchii byli przełożeni domów oraz ich zastępcy. W klasztorach żeńskich wspólnotą zarządzała Matka (kopt. maw) posiadająca również swoją zastępczynię (mehsnte). Problemy związane z funkcjonowaniem klasztoru żeńskiego, głównie natury dyscyplinarnej, rozwiązywał jednak opat, któremu Matka podlegała. Obie wspólnoty – pachomiańska i ta, wywodząca się z Atripe – funkcjonowały mniej więcej równocześnie. Kontakt pomiędzy nimi był jednak – jak się wydaje – dość luźny. Być może we wzajemnych relacjach przeszkadzały kwestie teologiczne, a nawet polityczne. Wiadomo bowiem, że po soborze chalcedońskim w 451 r. kongregacja pachomiańska pozostała wierna linii ortodoksyjnej (tzw. melchickiej). Dowodem na to jest m.in.