Okręt wyposażony był w 4 wewnętrzne wyrzutnie torpedowe kalibru 533 milimetry na dziobie oraz jedną wyrzutnię umieszczoną na rufie. Standardowym wyposażeniem w tym zakresie było 14 torped G7a i nie pozostawiających gazowego śladu elektrycznych torped G7eClay Blair: Hitler's U-Boat War, s. 58-59.. Torpedy z napędem spalinowym wyposażone były w zapalnik który mógł być przełączony na detonację kontaktową lub magnetyczną, torpedy elektryczne zaś mogły być eksplodowane wyłącznie magnetycznie. Uzbrojenie okrętu uzupełniało działo kalibru 88 mm SK C/35 oraz działko przeciwlotnicze kalibru 20 mm. Zamiennie z torpedami, zabrać też mógł 39 min TMA lub TMB.
Podstawowymi sensorami U-48 był sonar Gruppenhorchgerät (GHG) oraz dwa stalowe peryskopy umieszczone w przechodzącej pionowo przez kiosk studzience. Niewielki kiosk o wysokości nieco ponad 2 metrów mieścił także wyposażenie niezbędne do wystrzeliwania torped, w tym przede wszystkim analogowy komputer torpedowy, urządzenie odwzorowujące wskazania żyrokompasu oraz peryskop bojowyU47: General Features, [on line].. Warunki socjalne na okręcie były bardzo prymitywne – jednostka wyposażona była w dwie muszle klozetowe, każda w ubikacji wielkości budki telefonicznej.