Jedna umieszczona była na sterburcie na przedzie przedziału oficerskiego, druga zaś na rufie; ta jednak służyła najczęściej jako dodatkowa przestrzeń magazynowa dla żywności, toteż podczas rejsów 44 osoby załogi korzystały z jedynej toalety w przedziale oficerskim. Obok limitu przestrzeni magazynowej, ograniczone były również zapasy słodkiej wody, nikt więc nie miał pozwolenia na korzystanie z niej do mycia ciała, załoga zachęcana też była do niegolenia się. Tworzący się w związku z tym odór pod pokładem, maskowany był przy pomocy słodkich płynnych odświeżaczy powietrza.
W odróżnieniu od jednostek typu VIIA, U-48 otrzymał dwa stery kierunku na rufie w miejsce pojedynczego, co pozwoliło również na wyeliminowanie dużego mankamentu poprzedników przez umieszczenie rufowej wyrzutni torpedowej wewnątrz kadłuba sztywnego. Torpedy mogły być dzięki temu wystrzeliwane między płaszczyznami sterowymi, co ułatwiło także zwiększenie ładunku torped z 11 do 14 pocisków. Turbodoładowanie zwiększyło natomiast o 20% sprawność dieslowskiego napędu spalinowego.