Służba operacyjna U-48 został przyjęty do służby w Kriegsmarine 22 kwietnia tego samego roku. Pierwszym dowódcą jednostki został Herbert Schultze – pod jego dowództwem okręt wszedł w skład U-Flotylli „Wegener”, która w styczniu 1940 roku zmieniła nazwę na 7. Flotylla „Wegener”. 1 września 1939 roku U-48 znajdował się w składzie flotylli pod dowództwem korvettenkapitäna Ernsta Sobe, którą obok okrętu Schultze'a tworzyły dowodzony przez Alexandra Gelhaara U-45, U-46 (Herbert Sohler), U-47 (Günther Prien), U-51 (Dietrich Knorr), U-52 (Wolfgang Barten), U-53 (Ernst Heinicke), U-54 (Georg Michel) oraz zamówiony wcześniej dla Turcji U-A, który 1 października 1939 roku został objęty przez Franz Kurowski: U-48 The Most Successful U-Boat, s. 163.. Operacyjnie okręt podlegał bezpośrednio Führerowi der Unterseeboote (FdU) Karlowi Dönitzowi, którego stanowisko zostało 19 września 1939 roku zmienione na (BdU), oraz jego sztabowi – w tym przede wszystkim Eberhardowi Godtowi.