Rycerze krzyżowi z północnych Niemiec założyli m.in. Rygę, stolicę dzisiejszej Łotwy. Z pomocą świeżo nawróconych Liwów i Latgalów krzyżowcy rozpoczęli najazdy na tereny dzisiejszej Estonii w 1208 roku. Podbojem kierował biskup Albert von Buxhövden. Plemiona estońskie stawiały heroiczny opór niemieckim wyprawom. W roku 1217 zakon kawalerów mieczowych wraz ze sprzymierzeńcami, odniósł zwycięstwo w tzw. bitwie w dniu św. Mateusza (która miała miejsce niedaleko Viljandi 21 września), podczas której zginął estoński wódz Lembitu. Okres 1208-1227 uważany jest przez dzisiejszych Estończyków za jedną z pierwszych walk narodowowyzwoleńczych. W tym czasie musieli oni stawiać czoła także naporowi ze strony Rusi Kijowskiej, Danii i Szwecji. Ostatecznie wojna zakończyła się utratą niezależności Estonii, rozpadem dawnych struktur plemiennych, katastrofą demograficzną (ludność zmalała o jedną trzecią) i zahamowaniem rozwoju kulturalnego wśród Estończyków na kilkaset lat.