Władze na terenie prawie całej Estonii sprawował biskup Ozylii, Dorpat oraz Zakon Krzyżacki. Głównymi ośrodkami elementu niemieckiego były warstwa rycerska (późniejsza szlachta) oraz miasta. Stosunki również były wzorowane na istniejących w Niemczech. Dotyczyło to między innymi systemu lennego, oraz wykształcenia się warstwy społecznej panów feudalnych. Od XIII w. tereny dzisiejszej Estonii i Łotwy pod nazwą Inflanty, dostały się pod panowanie Niemieckie. Administracja składała się ze swojego rodzaju konfederacji 5 państw: Stanowiły ją konfederacja zakonna, arcybiskupstwo ryskie oraz biskupstwo kurlandzkie, dorpackie oraz ozylijskie. Specyfika niemieckiego państwa zakonnego oraz wewnętrzne konflikty sprawiły, że Estończycy nie ulegli procesowi germanizacji, dzięki czemu przetrwali jako naród do dziś, mimo to wpływy kultury niemieckiej i skandynawskiej na Estończyków są bardzo silne.
Estonia duńska thumb|upright=1.2|Lata 1308-1455, Estonia jako część Prus Zakonnych z odkupioną od Danii częścią północną