W latach 1236–1346 północna część Estonii została podbita przez Królestwo Danii pod rządami króla Waldemara II Zwycięskiego. Stało się tak w wyniku zwycięstwa wojsk duńskich w bitwie pod Lyndanisse (niedaleko dzisiejszego Tallinna) w 1219 roku. Po okresie panowania duńskiego tereny zostały sprzedane państwu zakonnemu, które stanowiło inflancką gałąź Krzyżaków.
thumb|upright=1.2|left|Konfederacja Inflancka w 1260 roku thumb|upright=1.2|Państwo zakonne w 1466 roku
W 1227 roku kawalerowie mieczowi zdobyli ostatnią pogańską enklawę na wyspie Sarema. Po tym wydarzeniu przymusowa chrystianizacja pogańskich wspólnot w Estonii została zakończona. Tereny dzisiejszej Estonii zostały podzielone pomiędzy zakon kawalerów mieczowych będący inflancką gałęzią zakonu krzyżackiego, archidiecezję ryską, biskupstwo Ozylii, biskupstwo Dorpatu i biskupstwo Kurlandii. Te półautonomiczne księstwa biskupie tworzyły Konfederację Inflancką. Północna część Estonii – dzisiejsze dystrykty Harjumaa i Virumaa (w języku niemieckim Harrien i Wierland) – były nominalnymi posiadłościami duńskimi do 1346 roku. Rewel (dzisiejszy Tallinn) otrzymał prawo lubeckie w 1248 i wszedł w skład Hanzy pod koniec XIII wieku.