W 1976 został członkiem Gdańskiego Towarzystwa Naukowego, a w 1977 profesorem zwyczajnym. W latach 1979–1983 był prezesem gdańskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Matematycznego. Wiele lat pracował w wyspecjalizowanych agendach PAN i ministerstw edukacji i szkolnictwa wyższego. Gościnnie wykładał m.in. w Kanadzie, Wielkiej Brytanii i USA. Uczestniczył w kilkunastu zagranicznych konferencjach matematycznych. Na emeryturę przeszedł w 1991, ale pracował na Uniwersytecie Gdańskim do 1998. Wypromował ośmioro doktorów, po czterech na Uniwersytecie Łódzkim i Uniwersytecie Gdańskim. Jego 80. urodziny uczczono 4 grudnia 2003 uroczystą sesją na Wydziale Matematyki, Fizyki i Informatyki Uniwersytetu Gdańskiego. Uniwersytet Gdański i Polskie Towarzystwo Matematyczne opublikowały okolicznościową broszurę poświęconą życiu i dorobkowi naukowemu prof. Jana Stanisława Lipińskiego.
Jan Lipiński poświęcił się niemal wyłącznie badaniom w dziedzinach funkcji rzeczywistych oraz teorii miary i całki. Przez wiele lat wykładał oba te przedmioty i prowadził z ich zakresu seminaria. Ogłosił ponad 50 prac na temat m.in.