200px|thumb|Adam Ciućka, 2016. Sprawa autolustracji była dyskutowana na kilku synodach Kościoła. Po wyborze na zwierzchnika Marka Kamińskiego problem został zgłoszony ponownie. Na łamach „Chrześcijanina” Kamiński przypomniał o chrześcijańskim obowiązku przebaczenia, a Paweł Biedziak podał w wątpliwość wiarygodność dokumentacji bezpieki. Na synodzie w Zakościelu w 2009 roku zgłoszone zostały dwa projekty lustracji. Jeden opracowany został przez Radę Naczelną, drugi przez grupę dziesięciu pastorów (m.in. Wojciech Gajewski, Adam Ciućka, Janusz Lindner). Projekt pastorów zakładał stworzenie komisji historycznej, której celem byłoby zbadanie materiałów zgromadzonych przez IPN oraz dokonanie moralnej oceny dla duchownych współpracujących z aparatem bezpieczeństwa. Decyzją Synodu przyjęty został projekt Rady Naczelnej, który wezwał każdego obciążonego grzeszną współpracą do spotkania z Prezydium Kościoła. Synod zobowiązał Prezydium Kościoła do zachowania tajemnicy rozmowy oraz obrony imienia każdego, kto wyznał grzech, zobowiązał też Prezydium, by nie badało archiwów IPN, ze względu na brak zaufania dla tych archiwów.