Stosunek do lustracji Częściowe oczyszczenie Kościoła dokonane zostało jeszcze w czasach PRL-u (zielonoświątkowcy wchodzili wtedy do ZKE), po usunięciu ekipy Krakiewicza w 1975 roku27 września 1975 roku, na spotkaniu Prezydium Rady Kościoła, Teodor Maksymowicz oświadczył: „Odwołano wszystkich poprzednich okręgowych, należało jednak zadbać o oficjalne ogłoszenie o odwołaniu ze względu na to, że niektórzy z nich w dalszym ciągu zajmują się szkodliwą działalnością”. (Mironczuk, Polityka państwa..., s. 223. ). Wymieniono wtedy skład Rady Kościoła oraz prezbiterów okręgowych. W 2005 roku po opublikowaniu tzw. Listy Wildsteina, traktowanej wtedy jako listy agentów, znalazły się na niej nazwiska dwóch duchownych związanych ze środowiskiem Kościoła Zielonoświątkowego. W tej sytuacji część duchownych kościoła domagała się przeprowadzenia autolustracji w oparciu o archiwa IPN-u. Sprawa wydostała się na zewnątrz i spotkała się z zainteresowaniem niektórych dziennikarzy, była komentowana m.in. przez Terlikowskiego na łamach „Newsweeka”.