Struktura oddziałów W zależności od sytuacji w danym terenie partyzanci ukrywali się w lasach lub mieszkali we wsiach, zbierając się jedynie na akcje zbrojne. W 1948 istniejące zgrupowania utworzyły 9 okręgów, dzielących się na drużyny (od 2 do 5), następnie na rejony lub ojcowizny. Funkcjonowały również podziały naśladujące jednostki wojskowe: kompanie, plutony i drużyny. Od 1946 partyzanci posiadali w miarę możliwości mundury, istniały systemy odznaczeń i awansów, zaś wstępujący do oddziałów składali przysięgę i musieli zaakceptować regulamin oddziału. Łączna liczba osób, które w tym czasie należały do ruchu, szacowana jest na 30 tys.
W podziemiu organizowały się również zgrupowania polityczne, które stawiały sobie za cel skoordynowanie całości partyzantki i nadanie jej jednolitego programu. Od września 1945 istniał Komitet Wyzwolenia Litwy, od stycznia 1946 – Litewska Rada Narodowa. 22 kwietnia 1946 została podpisana deklaracja o odrodzeniu państwa litewskiego.