terroryzowana była ludność cywilna sympatyzująca z partyzantką. Łącznie w walce z partyzantami wzięło udział ok. 25 tys. żołnierzy NKWD. Ponadto od 1944 powstawały Istriebitielnyje Bataljony, do których przystąpiło ok. 8 tys. osób. Zaangażowanie takich środków sprawiło, że liczebność oddziałów spadła jesienią 1945 do ok. 6 tys. czynnych partyzantów.
Do znacznego pogorszenia sytuacji partyzantki doszło w lecie 1945 roku. Partyzanci rezygnowali z ataków na cele militarne i skupili się na uderzeniach na ludność cywilną (głównie działaczy komunistycznych). Ułatwiło to władzom radzieckim ataki na partyzantów i przypięcie im łatki zwykłych „bandytów”. Ataki te przyczyniły się do spadku poparcia dla partyzantów wśród części Litwinów. Na niekorzyść partyzantów wpłynęła też reforma rolna i sytuacja na wsi – do partyzantki dołączyli się głównie chłopi średnio zamożni, natomiast z programu reformy rolnej skorzystali głównie ubodzy chłopi, których spotkały za to represje ze strony podziemia. Jako ich obrońca przedstawiał się radziecki rząd. Wzrost poparcia dla rządu nastąpił też na drodze innych zmian wprowadzanych przez Sowietów, m.in. oddania Litwie Wilna.