W 1950 budynek przy Myśliwieckiej 6 został również siedzibą Wyższej Szkoły Pedagogicznej, która zajęła pierwsze piętro. Przez dwa lata obie funkcjonowały w jednym budynku. W 1952 szkole zmieniono nazwę na X Szkołę Ogólnokształcącą Stopnia Licealnego Towarzystwa Przyjaciół Dzieci i przeniesiono do gmachu przy ul. Czerniakowskiej 128.
W 1958 szkoła powróciła do gmachu na ulicy Myśliwieckiej i do poprzedniej nazwy szkoły, oficjalnie brzmiącej II Liceum im. Stefana Batorego.
W stanie wojennym uczniowie szkoły zorganizowali protest potępiający pacyfikację strajku w kopalni „Wujek”: trzynastego każdego miesiąca przychodzili ubrani na czarno i na dużych przerwach milczeli. 16 lutego 1982 uczeń Piotr Cichocki umieścił na tablicy apel o uczczenie pamięci zamordowanych górników. Wtedy ówczesna dyrektor szkoły Teresa Garncarzyk wezwała funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa, którzy wyprowadzili ucznia ze szkoły zakutego w kajdany. W sądzie bronił go adwokat Edward Wende, któremu udało się doprowadzić do uniewinnienia chłopca, pomimo obciążających zeznań składanych przez dyrektorkę Liceum.
W 1996 szkołę odwiedziła królowa Elżbieta II, a w 1997 – piosenkarz Michael Jackson.