W 1996 wobec utworzenia Porozumienia Rosji i Białorusi apelował o zwiększenie aktywności powołanego w 1992 Komitetu Konsultacyjnego Prezydentów Rzeczypospolitej Polskiej i Ukrainy. W wyborach w 1997 po raz drugi wszedł do Sejmu – startował z listy Unii Wolności w okręgu olsztyńskim, mandat przypadł mu ponownie z listy ogólnopolskiejObwieszczenie Państwowej Komisji Wyborczej z dnia 25 września 1997 r. o wynikach wyborów do Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej przeprowadzonych w dniu 21 września 1997 r. ().. W III kadencji był członkiem Komisji Spraw Zagranicznych oraz ponownie Komisji Mniejszości Narodowych i Etnicznych. W latach 1999–2001 sprawował funkcję przewodniczącego Komisji Nadzwyczajnej do rozpatrzenia projektów ordynacji wyborczych do Sejmu i do Senatu oraz o zmianie ustawy o wyborze Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej.

Stał się jednym z liderów Unii Wolności; w latach 1997–2001 pełnił funkcję jej sekretarza generalnego. W grudniu 2000 podczas wyborów przewodniczącego partii wspierał Bronisława Geremka;