Pomimo że część nacjonalistów litewskich gotowa była za cenę niepodległości zaakceptować powrót do granic przedwojennych (Vytautas Landsbergis) to słabnięcie władzy i wreszcie rzeczywisty rozpad ZSRR oraz poparcie dla niepodległości Litwy przez część miejscowych Polaków, na co naciskały posolidarnościowe elity z Polski (Grzegorz Kostrzewa-Zorbas), spowodowało, że budowa autonomii w pierwotnym kształcie przestała być realna.
Polacy skupieni w najstarszej (powstała przed Sąjūdisem) niezależnej organizacji na Litwie, Związku Polaków na Litwie (ZPL), jednoznacznie podczas I zjazdu poparli niepodległość Litwy: „Dobro Litwy jest naszym wspólnym celem! Za wolność Naszą i Waszą”. Do autonomii prowadziły dwie drogi. Jedna we współpracy z Litwinami (autonomia od góry), którą poszedł ZPL i druga, realizowana oddolnie przez lokalnych działaczy wywodzących się z KPZR (Jan Ciechanowicz, Czesław Wysocki z Solecznik). Liderzy ZPL wiązali duże nadzieje na zapewnienie praw mniejszości polskiej od góry przez nowe władze litewskie, w czym utwierdziła ich uchwała parlamentu w Wilnie ze stycznia 1990 roku, w której zobowiązano rząd litewski do przygotowania projektu polskiej jednostki terytorialnej do 31 maja 1990 roku. Ważyły się w owym czasie losy całego ZSRR, a Litwa przygotowywała się do ogłoszenia niepodległości.