Zniszczona została także kaplica-mauzoleum Przeździeckich, znajdująca się na tyłach świątyni.
Odbudowa Odbudowę rozpoczęto w 1946 roku według projektu architekta Stanisława Marzyńskiego. Prace prowadzono etapami. W 1948 roku ukończono pierwszą część budowli, którą poświęcił biskup Zygmunt Choromański. Całość zasadniczej bryły kościoła została ukończona i poświęcona 17 listopada 1957 roku przez prymasa Polski, kardynała Stefana Wyszyńskiego. Natomiast kopuła – inspirowana florentyńską – ukończona została w latach 70. XX w.
Równolegle odbudowano także dawną kaplicę św. Barbary, natomiast zrujnowaną kaplicę Przeździeckich rozebrano, a zachowane elementy przeniesiono na Cmentarz Bródnowski, gdzie wykorzystano je przy budowie nowego kościoła pw. Matki Bożej Częstochowskiej. Jednym z elementów zachowanych we wnętrzu obecnej świątyni jest rzeźba tzw. „Anioła Smutku–Śmierci” pochodząca z pierwotnego mauzoleum.
Odbudowa zakończyła się konsekracją świątyni, której dokonał kardynał Stefan Wyszyński, Prymas Polski, w dniu 4 października 1979 r.