„Biblioteka Wydziału Lekarskiego” przetrwała formalnie do 1945 r., kiedy to część jej zbiorów została przekazana miejscowemu Towarzystwu Lekarskiemu, a część najstarsza – pozostała w Zakładzie Historii i Filozofii Medycyny Uniwersytetu Poznańskiego (dziś: przechowywana w Poznaniu przy ul. Sierocej 10). Jeszcze w latach 80. XIX wieku wydzielono drugi księgozbiór specjalistyczny złożony z dzieł przyrodniczych, którego opiekunem w latach 1888-1923 pozostawał dr Franciszek Chłapowski (1846-1923), długoletni przewodniczący Wydziału Przyrodniczego Towarzystwa. Książki z tego zbioru oznaczono pieczątką z napisem: „Tow. Przyjaciół Nauk w Poznaniu – Wydział Przyrodniczy”. Czynną codziennie czytelnię ogólną, przeznaczoną przede wszystkim dla członków Towarzystwa, otworzono w 1893 roku. Kilkanaście lat później Biblioteka liczyła już 100 tys. wol. dzieł z rozmaitych dziedzin wiedzy i była największą biblioteką polską w zaborze pruskim. Opiekował się nią od 1885 r. do 1919 r. filolog, dr Bolesław Erzepki (1852-1932), generalny konserwator Towarzystwa. On też założył w 1913 katalog książkowy zbiorów, kontynuowany do roku 1953, a używany przez czytelników jeszcze w latach 60.