po przejściu dr Dobrzyńskiej Rybickiej do pracy na Uniwersytecie, kierownikiem Biblioteki został dr Jan Baumgart (1904-1989), późniejszy dyr. Biblioteki Jagiellońskiej. W 1939 r. zbiory zinwentaryzowane Biblioteki liczyły łącznie 154 901 woluminów, w tym było 1912 jednostek rękopiśmiennych (około 830 skatalogowanych), 1492 jednostki kartograficzne, 1330 jednostek muzykaliów. Działalność Biblioteki ustała zupełnie w 1939 r., po wybuchu II wojny światowej. Dla wielu bibliotek polskich oznaczała ona kres istnienia. Biblioteka Towarzystwa uległa całkowitemu rozproszeniu. Jej wartościowsze według okupanta zbiory wywieziono do Niemiec (m.in. Berlina i Gryfii), bądź rozmieszczono w pałacach w Cerekwicy, Obrzyckou i Smogulcu (inkunabuły). Inne przekazano do Biblioteki Uniwersyteckiej, większość zaś ulokowano w kościołach poznańskich, skąd wiele trafiło na przemiał do młynów papierniczych w Czerwonaku. Po wojnie nie udało się już odszukać ponad 250 rękopisów kodeksowych z partii zinwentaryzowanych. Całkowicie przepadły archiwa rodzinne Łuszczewskich i Karśnickich z Mchów, a prawie zupełnie – ogromne archiwum ordynacji rydzyńskiej książąt Sułkowskich mieszczące się w 800 wielkich pudłach. Zaginęło ponad 1000 jednostek kartograficznych i tyleż jednostek muzykaliów. W roku 1939 Biblioteka posiadała 163 inkunabuły, w roku 1953 – 133.