Dokumentację utracono w 50%. Ucierpiały poważnie budynki Towarzystwa. Niemcy wywieźli też do Berlina papiery wartościowe i zarekwirowali gotówkę Towarzystwa złożoną w Banku Ziemskim. W roku 1945, po ucieczce Niemców z Poznania, w gmachu Towarzystwa nie znaleziono ani jednej książki!
Po roku 1945 Trud odbudowy i rewindykacji zbiorów spadł na szczupłe grono bibliotekarzy, którymi kierował Jan Baumgart i jego zastępczyni, mgr Aniela Koehlerówna. Zwożono rozproszone po Poznaniu i okolicy książki. Straty uzupełniono częściowo księgozbiorami podworskimi z terenu Wielkopolski. Biblioteka pozyskała książki po Auguście Cieszkowskim z Wierzenicy, pierwszym prezesie Towarzystwa (ok. 4400 wol.), w roku 1947 przyjęto 1560 dzieł z pałacu Mielżyńskich w Iwnie oraz 400 książek należących do rodziny Brezów z Więckowic. W roku 1949 rewindykowano spod Drezna zbiór atlasów i map w liczbie 280 jednostek. Odzyskano w sumie 75% całości zbioru ze stanu przedwojennego. Biblioteka otwarta została ponownie 15 grudnia 1947 r. i zaczęła pełnić, w zmienionych już warunkach społeczno-politycznych, swoją podstawową rolę: książnicy dla poznańskich studentów i naukowców. Od 1 stycznia 1948 r. kierownikiem, a od 1957 r. dyrektorem, Biblioteki została Aniela Koehlerówna (1882-1969).