Większych wrogów można zneutralizować przy użyciu ogłuszeń i ataków kombinacyjnych, a następnie wykorzystać do powalenia ich sojuszników. Przemieszczanie się po Arkham City utrudnia wojna gangów prowadzona pomiędzy zwolennikami poszczególnych superprzestępców. Większość wykonywanych przez Batmana czynności, w tym chociażby walka, nagradzanych jest punktami doświadczenia, a po zgromadzeniu odpowiedniej ich liczby zamieniane są na punkty modyfikacji, które można przeznaczyć na ulepszenia stroju, gadżetów, umiejętności w walce i skradania się. W każdej z tych kategorii znajduje się około piętnastu różnych ulepszeń. Przykładowo, ulepszenie wyrzutni linek pozwala na zdalne rozbrajanie wrogów, a ulepszanie umiejętności walki umożliwia łatwiejsze aktywowanie ataków specjalnych.
Część gadżetów, jakie postać zdobyła w Arkham Asylum, jest dostępna w Arkham City od samego początku, podczas gdy inne należy zdobyć ponownie podczas gry. Większość powracających przedmiotów otrzymała nowe funkcje, np. deszyfrator kryptograficzny używany wcześniej do obchodzenia zabezpieczeń można wykorzystać do monitorowania radiowych fal krótkich, a wyrzutnia lin może zostać użyta jako linoskocznia i umożliwia zmianę kierunku podczas lotu. Wśród innych przedmiotów powracających z pierwszej części są m.in.