Pobieranie wycinków z dwunastnicy jest wskazane tylko przy podejrzeniu innej etiologii niż Helicobacter pylori.
Obecność Helicobacter pylori można potwierdzić za pomocą metod inwazyjnych i nieinwazyjnych. Do metod inwazyjnych zaliczamy: test ureazowy – pobrany wycinek umieszcza się na płytce zawierającej mocznik z dodatkiem barwnego wskaźnika (np. czerwieni fenolowej). Przy obecności bakterii, a konkretnie ureazy bakteryjnej, mocznik ulega rozkładowi do amoniaku, powodując alkalizację podłoża i zmianę jego barwy. Czułość i swoistość testu wynoszą 95%. badanie histopatologiczne wycinka pobranego z dwunastnicy hodowla bakteryjna Metody nieinwazyjne: ureazowy test oddechowy – polega na spożyciu przez pacjenta porcji mocznika znakowanego izotopem węgla 13C lub 14C. Pod wpływem bakteryjnego enzymu ureazy dochodzi do jego hydrolizy do dwutlenku węgla i amoniaku, który jest wydalany przez płuca i oznaczany. testy serologiczne – obecność swoistych przeciwciał przeciwko antygenom Helicobacter pylori test na antygeny Helicobacter pylori w kale – czułość i swoistość wynoszą > 90%
Obecnie praktycznie nie wykonuje się już badań rentgenowskich żołądka i oceny wydzielania kwasu solnego (z wyjątkiem podejrzenia zespołu Zollingera-Ellisona). Mają one obecnie znaczenie historyczne.