Powikłania thumb|left|Krwawiący wrzód żołądka. Po lewej widoczna końcówka igły służącej do tamowania krwawień. krwawienie z górnego odcinka przewodu pokarmowego Występuje u ok. 15–20% chorych na chorobę wrzodową.W przypadku przyjmowania niesteroidowych leków przeciwzapalnych ryzyko znacznie wzrasta.Objawy: krwiste bądź fusowate wymioty, stolce smoliste, objawy wstrząsu hipowolemicznego perforacja wrzodu Dotyczy 2–7% chorych.Częściej występuje u osób zażywających niesteroidowe leki przeciwzapalne i palaczy papierosów. Najczęściej perforacji ulegają wrzody zlokalizowane na przedniej ścianie opuszki dwunastnicy.Objawy: gwałtowny ból brzucha, nudności, wymioty, deskowato napięte mięśnie jamy brzusznej, w RTG obecność wolnego gazu pod kopułą przepony, objawy rozlanego zapalenia otrzewnej. zwężenie odźwiernika Występuje u 2–4% chorych.Jest spowodowane wrzodem umiejscowionym w okolicy przedodźwiernikowej lub przewlekłymi zmianami bliznowatymi kanału odźwiernika.Objawy: nudności, obfite wymioty, hipokaliemia, zasadowica metaboliczna.
Nie ma dowodów na związek choroby wrzodowej ze zwiększoną częstością występowania raka żołądka. Prawdopodobnie zezłośliwiały wrzód żołądka jest od początku zmianą nowotworową naśladującą obraz wrzodu trawiennego.