Szczególną pasją Fryderyka było sokolnictwo. Około 30 lat tworzył De arte venandi cum avibus – traktat o sokolnictwie, początkowo na podstawie tłumaczenia dzieła arabskiego autora Moamyna. Jest to także monumentalne dzieło ornitologiczne, zawierające opis i ilustracje ponad 900 gatunków ptaków.
Cesarz interesował się różnymi naukami, w tym astrologią i astronomią, utrzymywał kontakt z licznymi naukowcami ze wszelkich dziedzin wiedzy.
Według twierdzeń włoskiego kronikarza Salimbenego, Fryderyk II miał nakazać przeprowadzenie tak zwanego eksperymentu deprywacyjnego, by dowiedzieć się, jakim językiem posługiwali się Adam i Ewa. Grupę dzieci miano wychowywać od niemowlęctwa w całkowitej izolacji od języka, opiekunkom dzieci nie wolno było do nich mówić, ani się w ich towarzystwie odzywać. Eksperyment ten miał doprowadzić do sytuacji, w której dzieci zaczęłyby mówić językiem pierwszych ludzi. Fryderyk rzekomo chciał się dowiedzieć, czy będzie to hebrajski, łacina, greka czy arabski, a może język rodziców dzieci (z którymi jednak według kronikarza nie miały żadnego kontaktu). Zgodnie z relacją Salimbenego eksperyment miał zakończyć się śmiercią dzieci. Historycy wysuwają jednak wątpliwości co do autentyczności twierdzeń kronikarza.