Sutoku i Tametomo zostali skazani na banicję, pozostałych feudałów ze stronnictwa ex-cesarza stracono.
Na skutek zamieszek najwyższą pozycję na dworze cesarza zdobył Kiyomori, wspierany przez mnicha-dworzanina Shinzei (Michinori Fujiwara). Yoshimoto natomiast, choć walczył po stronie Go-Shirakawy, został odsunięty od dworu. W rywalizacji o względy władcy sprzymierzył się z Nobuyorim Fujiwarą.
Zamieszki ery Heiji Go-Shirakawa abdykował w 1158 roku na rzecz syna, Nijō. W 1159 roku Kiyomori udał się na pielgrzymkę do Kumano. Yoshimoto podczas jego nieobecności na dworze uwięził Go-Shirakawę i Nijō. Nobuyori natomiast, wykorzystawszy sytuację, wymusił na cesarzu nominację siebie na kanclerza. Przeciwko intrygom Yoshimoto i Nobuyoriego zbrojnie wystąpiła frakcja Shinzei. Yoshimoto więc został zmuszony do podjęcia działań militarnych z jednej strony i umocnienia swojej pozycji politycznej z drugiej. Kiyomori po powrocie do stolicy nie mógł zaatakować Minamotów, nie naraziwszy w wyniku walki życia cesarza i ex-cesarza. Rozpoczął więc obwarowywanie swojej rezydencji Rokuhary. Frakcja Kiyomori podjęła otwartą walkę z Yoshimoto dopiero po tym, gdy Go-Shirakawa i Nijō zdołali wymknąć się Yoshimoto i schronić się w Rokuharze.