II wojna światowa Jako dowódca plutonu 36 pułku piechoty Legii Akademickiej brał udział w obronie Warszawy we wrześniu 1939 roku. Odznaczył się wtedy (w nocy z 11 na 12 września) bohaterskim atakiem na Okęcie. We wrześniu 1939 roku był dwukrotnie ranny, wzięty do niewoli. Udało mu się zbiec i wrócić do Warszawy.

Rozpoczął działalność podziemną w październiku 1939 roku. Był niezwykle aktywny na wielu polach działalności konspiracyjnej. Był m.in.: szefem kolportażu SZP, kierownikiem jednego z referatów kontrwywiadu organizacji „Muszkieterzy”, kierownikiem referatu więziennego Komendy Okręgu Warszawskiego oraz Komendy Głównej ZWZ-AK, zastępcą szefa BIP Okręgu Warszawa-Miasto, kierownikiem działu Akcje Specjalne Podwydziału „N” oraz członkiem KG Organizacji Małego Sabotażu „Wawer”, jako zastępca Aleksandra Kamińskiego (Gorzkowski stworzył wcześniej analogiczną organizację „Palmiry”, która w 1941 roku połączyła się z Wawrem).