W okresie międzywojennym zbór łódzki jako jedna z niewielu społeczności otrzymała od wojewody status kościoła tolerowanego. W 1937 r. siedzibę zboru przeniesiono do nowego lokalu przy ul. Wólczańskiej 57. W okresie II wojny światowej zbór łódzki został podzielony przez władze hitlerowskie na dwie wspólnoty – niemiecką, działającą legalnie i liczącą 70 wiernych oraz polską, nielegalną z 25 wyznawcami. Mimo przymusowego podziału, wspólnoty utrzymywały braterskie relacje i w miarę możliwości podejmowały współpracę, m.in. organizując wspólne nabożeństwa młodzieżowe. Grupa polska, szykanowana w okresie okupacji, działała w podziemiu – udzieliła wówczas przynajmniej 8 chrztów nowym wiernym. Polskiemu zborowi pasterzowali wówczas kazn. Baron i kazn. Nowicki. Siedziba zboru przy ul. Wólczańskiej została skonfiskowana przez hitlerowców i przekształcona na kwaterę SS. Od 1943 r. nabożeństwa odbywały się w budynku przy ul. Wólczańskiej 139, który po wojnie stał się siedzibą zboru.