W rezultacie wewnętrznych sporów między rywalizującymi o tron Romanowami i Mścisławskimi pozycja polityczna dumy została na tyle osłabiona, że inicjatywę przejął inspirowany przez patriarchę Hioba sobór ziemski, który przesądził o objęciu władzy przez Godunowa. W kwietniu 1598, jeszcze przed jego koronacją, Fiodor Romanow usiłował doprowadzić do objęcia tronu przez Symeona, ochrzczonego chana tatarskiego, a następnie wielkiego księcia twerskiego. Zdaniem bojarów duma mogłaby łatwo nim manipulować. O porażce tego projektu przesądziła antytatarska wyprawa Godunowa, który ogłaszając niebezpieczeństwo ze strony najeźdźców zdołał skonsolidować wokół siebie średnią szlachtę ruską oraz część bojarów. Kierowana przez Romanowów opozycja straciła wówczas wpływy.

Już po koronacji Godunowa Fiodor Romanow i jego zwolennicy prowadzili przeciwko władcy szeroką agitację, oskarżając go m.in. o zamordowanie carewicza Dymitra Iwanowicza, półtorarocznej córki Fiodora I Teodozji, a nawet samego cara. Opozycja związana z Romanowami podsycała zamieszki chłopskie na prowincji, jakie wybuchły na tle braku żywności. Jesienią 1600 car zdecydował się w związku z tym na rozprawę z całym rodem. Romanowa i jego braci Aleksandra, Michaiła i Wasyla oskarżono o próbę zamachu na jego życie przy pomocy „czarnoksięskich korzeni”.