Zasiadający w dumie bojarskiej książęta, niezadowoleni z wcześniejszych wpływów Romanowów, zdaniem Skrynnikowa pomogli carowi się ich pozbyć. Godunow długo zastanawiał się nad dalszym losem uwięzionych. Ostatecznie Fiodor Romanow został zmuszony do rozwodu z żoną i wstąpienia do Monasteru Antoniewo-Sijskiego, gdzie pod przymusem złożył wieczyste śluby mnisze z imieniem Filaret. Jego żona w analogicznych okolicznościach została mniszką, z imieniem Marta. Trzej jego bracia zmarli na zesłaniu. Po kilku miesiącach od sądu nad Romanowami Borys Godunow polecił jednak złagodzić warunki, w jakich w klasztorze przebywał Filaret (Romanow), nakazując, by „nie zaznał biedy”. Początkowo osadzony w monasterze bojar pozostawał w silnej depresji, z czasem jego zachowanie uległo zmianie; w lutym 1605 Filaret (Romanow) wydawał się być przekonany, że odegra w przyszłości ważną rolę. Zdaniem D. Czerskiej, cytującej także wypowiedzi grupy historyków rosyjskich, pozwala to domniemywać, że brał udział w intrydze przygotowującej pojawienie się pierwszego Dymitra Samozwańca. Za głównego organizatora wystąpienia Samozwańca uważał Filareta Jerzy Ochmański.