W czasie jego nieobecności w stolicy wybuchły rozruchy wymierzone przeciwko Szujskiemu, których prowodyrami mogły być osoby ze stronnictwa Romanowów. Zdaniem Czerskiej nie można wykluczyć udziału samego Filareta w ich organizacji. W rezultacie Szujski wycofał poparcie dla metropolity jarosławskiego i rostowskiego i doprowadził do wyboru na patriarchę metropolity kazańskiego Hermogena. Wśród innych powodów, które mogły skłonić cara do zmiany decyzji, wymienia się związki Filareta z rodem Szeremetiewów lub jego dawne poparcie dla Samozwańca. Intronizacja Hermogena odbyła się 3 lipca 1606. Po tej dacie Filaret opuścił Moskwę i wrócił do Rostowa, gdzie pozostał do jesieni. W ocenie Czerskiej Szujski popełnił poważny błąd polityczny, popierając kandydaturę Hermogena wbrew pierwotnym projektom.