W obozie Dymitra Samozwańca II W październiku 1608 r. Filaret został wzięty do niewoli w Rostowie i przewieziony do obozu Dymitra Samozwańca II w Tuszynie. Jego sytuacja była początkowo nieokreślona – pozostając teoretycznie jeńcem, był traktowany jak wybitny gość, co skłania Michaiła Hellera do wskazania, że być może przebywał on w Tuszynie z własnej woli. Zgodził się przyjąć godność patriarchy moskiewskiego i całej Rusi w opozycji do legalnie sprawującego ten urząd Hermogena, konsekwentnego zwolennika Wasyla Szujskiego. Nadanie Filaretowi tego urzędu, chociaż sprzeczne z procedurami kanonicznymi, wpisywało się w szersze starania Dymitra na rzecz utworzenia w Tuszynie alternatywnego ośrodka władzy świeckiej i duchownej, który miał następnie przenieść się do Moskwy. Niekanoniczny patriarcha przed wzięciem do niewoli jednoznacznie nazywał Samozwańca II heretykiem i złodziejem, doskonale zdawał sobie przy tym, że nie jest on ani synem Iwan Groźnego, ani Samozwańcem I. Dla celów politycznych zgodził się jednak uznać go za prawowitego cara. Z czasem wpływy Filareta w obozie tuszyńskim stały się na tyle znaczące, że zdaniem Andrusiewicza stał się on faktycznym liderem całego stronnictwa Samozwańca II.