ratusz w centrum rynkupozostał jedynie kościół i 4 domy1700pożar zniszczył to, co ocalało z poprzedniego pożaruspłonęły 2 domy1710epidemia dżumyśmierć kilkudziesięciu osóbwiek XVIIzniszczenia dokonane przez Szwedów1807, 1813przemarsze wojsk francuskich, pruskich i rosyjskich

Rozkwit Miłomłyna mały|Budynek poczty W latach 1818–1945 należał do wschodniopruskiego powiatu ostródzkiego. Do rozwoju miejscowości w XIX w. przyczyniła się budowa Kanału Elbląskiego w latach 1844–1860 oraz doprowadzenie kolei (trasa Ostróda – Elbląg) w roku 1893. Linia kolejowa została rozebrana w 1945 r. i wywieziona do ZSRR. Druga linia kolejowa, zbudowana w 1903 r., o numerze 257, łączyła Ostródę i Morąg. W tym czasie Miłomłyn stał się węzłem dróg wodnych i kolejowych oraz ośrodkiem handlu drewnem.

W 1855 wybrukowano ulice. Na przełomie XIX i XX w. zbudowano w Miłomłynie tartak oraz stocznie naprawy statków pływających po kanale. W mieście istniała czynna cegielnia oraz znany w okolicy browar Mierau. W roku 1888 zdecydowano się na oświetlenie Miłomłyna lampami gazowymi.

W referendum 11 lipca 1920 r. mieszkańcy Miłomłyna jednogłośnie opowiedzieli się za przynależnością miasta do Rzeszy Niemieckiej.