1 listopada 1939 r. ks. Mieczysław został eksmitowany przez NKWD z plebanii. Wraz z matką, bratem i gospodynią Marią Gąsiorowską zamieszkał w pomieszczeniach zaoferowanych przez właściciela nieczynnego browaru Teofila Dywiszka. Od 1940 roku, kiedy do Kazachstanu wywieziono wiele rodzin wojskowych, służby leśnej, policji i innych (m.in. jego siostrę Józefę Auterhoff i bratanicę), pomagał zesłańcom, posyłając pieniądze oraz paczki z odzieżą i żywnością.
Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej wrócił na plebanię. Niemcy wybrali go jako jednego z pięciu polskich zakładników, którzy mieliby zginąć przez publiczne powieszenie, gdyby doszło do jakichś aktów sabotażu.
W nocy z 25 na 26 marca 1943 r. UPA napadła na polskich osadników we wsi Lipniki (województwo wołyńskie) k. Bereznego; zamordowano 156 osób, spalono wszystkie domy i budynki gospodarcze. Uciekinierzy znaleźli schronienie w Bereznem m.in. na plebanii, wśród nich rodzina Hermaszewskich z późniejszym kosmonautą Mirosławem Hermaszewskim, która przebywała tam przez dwa lata. Polak z Sojuza. Z gen. Mirosławem Hermaszewskim rozmawia Włodzimierz Kalicki, Gazeta Wyborcza Duży format, 24/783, str. 6.