29 marca 1792 dotarli oni do celu swej wyprawy. Pierwszym wyzwaniem przed młodym duszpasterzem była nauka języka angielskiego (pod kierunkiem swych braci zakonnych). Abp John Carroll SJ postanowił przetestować jego poświęcenie i skierował go do pracy w Fort Vincennes w Indianie, gdzie miał być misjonarzem wśród miejscowych Indian i proboszczem fortu (lata 1792–1795). Dotarłszy do celu podjął się energicznej pracy duszpasterskiej i edukacyjnej (założył bibliotekę, która jest najstarszą w stanie Indiana, otoczył troską duszpasterską Indian i wielu z nich ochrzcił). Mimo owocnej pracy i szacunku jaki zdobył, przez swe władze zakonne sprowadzony został do Marylandu, gdzie miał zostać wykładowcą na Georgetown University. W latach 1798–1801 przebywał wśród swych braci zakonnych na Kubie. Celem wyprawy było założenie tam kolegium swego zakonu, ale spotkało się to ze sprzeciwem miejscowego duchowieństwa. Sulpicjanie mieli zakaz wykonywania kapłańskich funkcji aż do śmierci miejscowego arcybiskupa we wrześniu 1799. Podczas pobytu na wyspie nabawił się żółtej febry. Po wyzdrowieniu działał jako opiekun syna bogatego Hiszpana. Do Baltimore powrócił w listopadzie 1801, przywożąc ze sobą dwudziestu trzech młodych ludzi, którzy chcieli kształcić się w Georgetown. Kolejne lata życia o. Flaget spędził jako wykładowca.