Głównym problemem projektowanego IŁa-86 był brak odpowiednich silników. Problem ten nigdy nie został rozwiązany. Do końca lat 60. USA i Wielka Brytania miały nowoczesne silniki dwuprzepływowe. Wiadomo było, że pierwszy radziecki silnik tego typu Łotariew D-18T nie wejdzie do służby przed 1980 rokiem. Pierwotnie dla Iła-86 przeznaczony był silnik Sołowiew D-30, najbardziej zaawansowany pod względem technicznym radziecki silnik lotniczy, jednak dopiero po upływie trzech lat okazało się, że jego ciąg był niewystarczający dla tak dużego samolotu. Ostatecznie 26 marca 1975 wybrano silniki Kuzniecow NK-8, które po przeprojektowaniu specjalnie dla Iła-86 uzyskały oznaczenie NK-86 o sile ciągu 125 kN. Jednak wszystkie ówczesne silniki radzieckie charakteryzowały się wysokim zużyciem paliwa oraz hałasem. Konstrukcji tych nie można było także przystosować do wytwarzania znacznie większego ciągu.
Problemy z awioniką