W 1933 wrócił do Włodzimierza, następnie przeprowadził się do wsi Goruszka. Odmówił uznania metropolity Sergiusza za kanonicznego zastępcę locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego i prowadzenia pracy duszpasterskiej pod jego zwierzchnictwem. Zaliczany do zdecydowanych przeciwników metropolity Sergiusza i jego polityki cerkiewnej, w tym deklaracji lojalności wobec władz radzieckich. Był związany z Cerkwią katakumbową; do Patriarchatu Moskiewskiego powrócił dopiero w 1945Когда время не имеет значения. Cвятитель Афанасий исповедник, епископ Ковровский.
W 1936 został aresztowany po raz kolejny i skazany na pięć lat łagru. Karę odbywał w łagrze Biełomorsko-Bałtyckim. Od sierpnia do października i od listopada do grudnia 1937 przebywał, bez podania przyczyny, w izolatce. W czerwcu 1941, po ataku Niemiec na ZSRR, uczestniczył w ewakuacji więźniów do obozów nad jeziorem Onega, pieszo przechodząc 400 km. Po odbyciu kary został zesłany do rejonu golszmanowskiego obwodu omskiego. W nowym miejscu pobytu nie podjął pracy duszpasterskiej, lecz zatrudnił się jako stróż w sowchozie. W 1943 mieszkał przez kilka miesięcy w Iszymie, po czym został ponownie aresztowany i skazany na osiem lat łagru. W 1954, w Dubrawłagu, został uznany za niezdolnego do pracy z powodu podeszłego wieku i przeniesiony do domu dla inwalidów.