W trakcie wojen napoleońskich w latach 1813–1814 współorganizował Korpus Lützowa. Po wojnie władze chciały włączyć gimnastykę do przedmiotów szkolnych, natomiast Jahn postrzegał ją jako ważny element w ramach realizacji swoich założeń narodowościowych i wzmocnienia niemieckiego poczucia narodowego. Jahn postrzegał gimnastykę jako przygotowanie do walki o wolność, a po wyzwoleniu jako element wsparcia walki o jedność, wolność i liberalną konstytucję. Jahn zainspirował powstanie pierwszych Burschenschaftów – pierwsze stowarzyszenie tego typu powstało w Jenie 12 czerwca 1815 roku.
W 1817 roku Jahn wygłosił publiczne wykłady na temat Deutsches Volkstum w Berlinie, prowokując władze. Kolejne wydarzenia, m.in. zabójstwo Kotzebuego przez gimnastyka Sanda, jak też postawa Jahna, popchnęły władze do wycofania gimnastyki ze szkół i zniszczenia sprzętu gimnastycznego. Jahn został aresztowany w lipcu 1819 roku i uwięziony w twierdzy Spandau, a później w Küstrin. Z aresztu został zwolniony w maju 1820 roku, lecz musiał zamieszkać w Kołobrzegu, gdzie pozostawał pod nadzorem dowódcy twierdzy.