W grudniu 1596 brał udział w zebraniu przeciwników unii kościelnej w Brześciu (jednocześnie tam odbywał się zjazd, na którym ta unia została zawarta).
W tym samym roku, z nieznanych powodów, z uwagi na stanowisko wobec unii (którą poparł biskup pińsko-turowski Jonasz), Pleteniecki został usunięty od pełnienia obowiązków archimandryty. Mimo to, wspierany przez swoich zwolenników i patrona – księcia-wojewodę kijowskiego Konstantego Wasyla Ostrogskiego, nadal pełnił swe obowiązki aż do wyboru na archimandrytę ławry Peczerskiej (wrzesień 1599). mały|lewo|280px|Ławra Kijowsko-Peczerska. Zdjęcie z końca XIX w. Wybory Pletenieckiego na archimandrytę ławry odbyły się w warunkach ostrej konkurencji z promowanym przez króla Zygmunta III Hipacym Pociejem, który w tym czasie był już unickim metropolitą kijowskim. Pod pretekstem nadzoru nad wyborami król wysłał do ławry Kijowsko-Peczerskiej katolickiego biskupa kijowskiego Krzysztofa Kazimirskiego, jednak książę-wojewoda Ostrogski nie wpuścił go do Kijowa. mały|230px|Hipacy Pociej, metroplita kijowski unicki.