W 1608 r. H. Pociej podjął próbę pozbawienia Elizeusza Pletenieckiego godności archimandryty z powodu skargi mnichów ławrskich na wydatkowanie nadwyżki dochodu ławry w nieznanym celu. 10 września tego roku metropolita mianował hierodiakona Antoniego Grekowicza swym namiestnikiem w ławrze. Pleteniecki skorzystał z ochrony Kozaków oraz kijowskiej szlachty prawosławnej, a wielu mnichów ławrskich odmówiło posłuchu Grekowiczowi.
Aby ubezpieczyć w przyszłości ławrę Kijowsko-Peczerską od roszczeń Hipacego Pocieja, Elizeusz Pleteniecki uzyskał stauropigię, czyli bezpośrednie podporządkowanie patriarsze konstantynopolitańskiemu, nie zaś lokalnym władzom cerkiewnym.
Na wiosnę 1612 r. Pleteniecki spotkał się z metropolitą sofijskim Neofitem, który przez długi czas przebywał w ławrze. Neofit faktycznie przejął obowiązki prawosławnego metropolity kijowskiego (uświęcał cerkwie, wyświęcał kapłanów). Hipacy Pociej początkowo nie zdecydował się na działania przeciw Neofitowi, ponieważ ten był ochraniany przez Kozaków, dostojników prawosławnych i plebs. Jednak później wytoczył proces przeciwko Neofitowi i kijowskim duchownym prawosławnym (w tym Pleteneckiemu) w Trybunale lubelskim.