Przełożony klasztorów Biskup Stefan początkowo zamierzał pozostawić mnicha Ignacego przy sobie, w służbie w domu biskupim w Wołogdzie, ostatecznie jednak zmienił zdanie i mianował go przełożonym podupadłego Monasteru Matki Bożej i św. Grzegorza Peleszemskiego. Za zasługi w odnawianiu w nim życia monastycznego, w tym zgromadzenie wokół siebie ok. trzydziestu nowych zakonników, hieromnich Ignacy otrzymał w styczniu 1833 godność ihumena. Przez krótki czas był przełożonym monasteru św. Mikołaja na Ugrieszy., następnie w 1834 otrzymał godność archimandryty i został przeniesiony do Nadmorskiej Pustelni Trójcy Świętej i św. Sergiusza w Petersburgu. Również w tym klasztorze Ignacy (Brianczaninow) podniósł poziom życia wewnętrznego, odnowił także zabudowania monasterskie. W 1838 został mianowany dziekanem wszystkich monasterów eparchii petersburskiej i ładoskiej.
W 1847, z uwagi na pogarszający się zły stan zdrowia, wywołany klimatem Petersburga, archimandryta Ignacy zwrócił się do Świątobliwego Synodu Rządzącego z prośbą o zwolnienie z piastowanych funkcji i zgodę na zamieszkanie w monasterze Nikoło-Babajewskim.