Otrzymał jednak jedynie skierowanie na jedenastomiesięczny urlop.
Biskup Dzięki zabiegom metropolity petersburskiego Grzegorza archimandryta Ignacy uzyskał nominację biskupią i 27 października 1857 został w soborze Kazańskiej Ikony Matki Bożej w Petersburgu wyświęcony na biskupa kaukaskiego i czarnomorskiego. Do swojej nowej rezydencji w Stawropolu dotarł w styczniu roku następnego. Katedrę kaukaską objął w bardzo trudnej sytuacji, zarówno pod względem finansowym, jak i moralnym. Biskup Ignacy zdołał doprowadzić do poprawy stanu materialnego eparchii, dokonał również szeregu wizytacji w parafiach, regularnie głosił kazania. Wzniósł nową siedzibę biskupów kaukaskich i nowy budynek seminarium duchownego w Stawropolu.
W 1861, skonfliktowany z dwoma duchownymi swojej eparchii (protoprezbiterem Krastilewskim, członkiem jej konsystorza, oraz byłym rektorem seminarium w Stawropolu archimandrytą Epifaniuszem) oraz z Kazańską Akademią Duchowną (krytykował surowo poglądy głoszone na łamach jej oficjalnych pism teologicznych), złożył prośbę o przeniesienie w stan spoczynku.