Wiele z tych nurtów z czasem przekształciło się w odrębne struktury kościelne, nazywane dziś starożytnymi Kościołami przedchalcedońskimi.
Prześladowania wczesnych chrześcijan
Zebrania gmin, otaczane aurą tajemniczości, a także uchylanie się od rzymskich obrzędów religijnych, budziły podejrzliwość, a nieraz jawną wrogość władz i części społeczeństwa. Na tym tle dochodziło do wystąpień antychrześcijańskich i niekiedy odgórnych prześladowań, z których pierwsze nastąpiły za panowania Nerona (54–68). Okres ten został opisany w sposób sfabularyzowany przez Henryka Sienkiewicza w powieści Quo vadis. Polski pisarz wzorował się w swoim opisie na relacji Tacyta z dzieła Annales (XV, 44) z 64 roku. Mimo prześladowań, gminy rozwijały się, zgodnie z sentencją Tertuliana, iż krew męczenników jest nasieniem nowych chrześcijan.
Dokładna liczba męczenników wczesnochrześcijańskich nie jest znana, wielu z nich zostało upamiętnionych jako święci Kościoła katolickiego i prawosławnego.
W czasach prześladowań rzymskich niektórzy wcześni chrześcijanie uważali za niewłaściwe ukrywanie się przed zagrożeniem;